卧式加工中心跟立式除了形态的不同之外，还有一些结构的不同。
加工中心类型的选定需要考虑加工对象、加工工艺、加工范围和设备价格等因素，根据所选零件族 （组）进行。如果您的加工工件具有以下特征，则应选择卧式加工中心：加工两面以上的零件或加工在四周呈径向辐射状排列的孔系、面，如箱体类、壳体类零件等，应选择卧式加工中心；被加工零件的位置精度要求较高，宜选用高精密卧式加工中心；零件在一次装夹中需要完成多面加工时，可选择立卧复合式五面加工中心。当然，上述各点也不是的，一方面是由于加工中心正朝着复合化方向发展，另一方面选型时要综合考虑生产效率、加工工艺要求和设备资金等因素，要以性价比来衡量选型方案的合理性。
卧式主轴箱经固定在活动立柱上的垂直驱动丝杆与活动立柱滑动连接，并经垂直驱动丝杆驱动沿 Y 轴方向滑移，固定立柱上设有立式主轴箱，立式主轴箱经固定在固定立柱上的垂直驱动丝杆与固定立柱滑动连接，并经垂直驱动丝杆驱动 Y 轴方向滑移，立式加工中心机床和卧式加工中心机床合为一体，共用上下两层工作台，减少了占地面积，减少了加工辅助时间，提高了工作效率。
工件在加工中心上经一次装夹后，数字控制系统能控制机床按不同加工工序，自动选择及更换刀具，自动改变机床主轴转速、进给速度和刀具相对工件的运动轨迹及其它辅助功能，依次完成工件多个面上多工序的加工。并且有多种换刀或选刀功能，从而使生产效率大大提高。
加工中心由于工序的集中和自动换刀，减少了工件的装夹、测量和机床调整等时间，使机床的切削时间达到机床开动时间的80％左右(普通机床仅为15～20％)；同时也减少了工序之间的工件周转、搬运和存放时间，缩短了生产周期，具有明显的经济效果。加工中心适用于零件形状比较复杂、精度要求较高、产品更换频繁的中小批量生产。
与立式加工中心相比较，卧式加工中心结构复杂，占地面积大，价格也较高，而且卧式加工中心在加工时不便观察，零件装夹和测量时不方便，但加工时排屑容易，对加工有利。
